Program WMS magazyn przejmuje od kierownika magazynu rolę zarządzania rozmieszczeniem towarów. Dzięki cyklicznej analizie rotacji towarów, program samodzielnie generuje zlecenia przesunięcia towarów we właściwe lokacje. Program magazynowy proponuje rozmieszczenie towaru w magazynie poprzez przydzielanie lokacji po przyjęciu towaru, jak i bieżące uzupełnianie lokacji magazynowych.
Cechy programu magazynowego to miedzy innymi wbudowane strategie wyboru miejsca składowania, pozwalają automatycznie wyznaczyć lokalizację w oparciu m.in. o klasę rotacji, datę przydatności, cechy nośnika czy inne parametry produktu. System WMS obsługuje ogólnie przyjęte standardy wydań towarów (FIFO, FEFO), wydatnie wspomaga proces inwentaryzacji i ułatwia identyfikację błędów.
Program do stanów magazynowych staje przed problemem zarządzania coraz bardziej skomplikowaną gospodarką magazynową. Specyfika biznesu i rozwój różnych kanałów sprzedaży powoduje, że funkcjonalności oferowane przez standardowe programy magazynowe lub systemy klasy ERP nie są już wystarczające. Konieczny jest sprawny system do magazynu.