Program Magazyn WMS.net można wdrożyć i zintegrować z systemem WF-mag WAPRO, znanym od wielu lat oprogramowaniem dla firm. Wdrożeniem rozwiązania zajmuje się firma iMAG Centrum Oprogramowania (http://www.imag.pl/).
Program WF-Mag WAPRO i WMS można używać jako niezależne programy, w ten sposób że biuro prowadzi ogólną ewidencję księgowo handlową magazynu, natomiast niezależnie swoją ewidencję wyłącznie ilościową prowadzi magazynier. Magazynier w programie WMS rejestruje inne informacje, interesujące go z punktu widzenia logistyki, a nie handlu czy księgowości. Takie wykorzystywanie ma jednak swoje ograniczenia i wady. Zwykle stany magazynowe w dwóch niezależnych programach nie będą zgodne,.